Обвинение на суде в Крыму ранее запросило 9 лет лишения свободы для Чубарова. Глава Меджлиса, комментируя требование обвинения, назвал процесс над ним в Крыму «судилищем», которое никак не изменит его жизнь.
В конце марта 2020 года Следком России по Крыму заочно предъявил обвинения Чубарову. Уголовные дела возбуждены по ч. 1 ст. 212 (организация массовых беспорядков), ч. 2 ст. 280.1, ч. 1 ст. 280.1 УК России (публичные призывы к осуществлению действий, направленных на нарушение территориальной целостности России).
В июле прошлого года суд в Симферополе начал рассматривать по существу уголовное дела в отношении Чубарова. Адвокат по назначению Александр Осокин обжаловал проведение судебного разбирательства в отсутствие главы Меджлиса крымскотатарского народа.
Сам Чубаров отмечал, что российские власти «начали очередную волну репрессий против крымскотатарского народа».
Уполномоченная Верховной Рады Украины по правам человека Людмила Денисова назвала данное дело незаконным.
Прокуратура АРК и Севастополя открыла производство из-за уголовного дела, которое возбудили российские следователи в отношении Чубарова.